Križevniški prostor je preprost, ostenje je obdelano le z arhitektonskimi izrazili. Za pozni barok je prostorna zasnova klasično nazorna. Gre za preplet dveh centralnih prostorskih motivov. Centralno telo se križa s krožnim tlorisom za kupolo in grškim križem z enakimi kraki. Kot zanimivost naj povemo, da so med gradnjo načrt spremenili. Prvič so poudarili glavno os, tako, da sta vhodna partija in prezbiterij globlja od stranskih kapel. Drugič so spremenili osrednji prostor. Namesto kroga je tloris zdaj kvadraten, s porezanimi vogali za novo kupolo, tako, da je bila projektirana na krožni osnovi, izvedena pa v širini porezanih oglov kvadrata. S tem je bila dominacija osrednjega prostora omiljena. Cerkveni tlak je sestavljen iz kamnitih plošč.
Dokaj visoko dvorano prekriva križni listnati obok, kar še dodatno asociira na križevniški red. Nad obokom je visoka streha, iz bakrene pločevine, valovite oblike, ki je delo krovcev iz avstrijskih in čeških dežel. Zaključuje jo podaljšana lanterna, ki nadomešča zvonik. Pročelje ni tipično baročno, ustvarja klasični videz, kar je bilo značilno za takratno beneško arhitekturo. Baročni navdih daje cerkvi šele kipeča streha.
Oltarno okrasje so financirale tri cesarice Svetega rimskega cesarstva, v zahvalo komturju za obrambo krščanstva. Tri pozlačene oltarne nastavke, ki jih je izdelal dunajski kipar Marco Prodi, je plačala cesarica Eleonora Magdalena, vdova po Leopoldu I. Plačala je tudi sliko za veliki oltar, Marija Zdravje bolnikov (Marija Pomagaj) ki jo je naslikal Johann Michael Rottmayr, prvi veliki baročni slikar avstrijskih dežel. Na njej kužni bolniki prosijo Marijo za zdravje. Na Dunaju je namreč že pustošila kuga in se je nevarno bližala Ljubljani. Ko je prva slika leta 1857 zgorela, jo je leta 1859 nadomestila druga, delo dunajskega slikarja Hansa Canona.
Na stranskih pozlačenih oltarjih sta podobi dveh redovnih zavetnikov, sv. Jurija, ki ga je naslikal Martino Altomonte in opozarja na vojno dejavnost reda, najbrž jo je plačala cesarica Amalija Viljemina, vdova po Jožefu I. in sv. Elizabete Ogrske, ki jo je upodobil flamski slikar Anton Schoonjans in predstavlja karitativno dejavnost nemškega viteškega reda. Najbrž jo je naročila cesarica Elizabeta Kristina, mama Marije Terezije. Slike, ki so jih naročile tri cesarice, predstavljajo izjemno pomembno naročilo, ki mu na Kranjskem ni bilo para. Vsi trije slikarji so bili pomembni predstavniki srednjeevropskega visokega baroka. Pred oltarji so stopnice iz belega marmorja in podesti iz rdečega kamna.
Elizabeta je darovala tudi mašne plašče, štole in drugo opremo za cerkev. Med opremo spadata še prižnica in lesen pozlačen pevski kor nad vhodom. Orgel ob dokončanju cerkve niso načrtovali, prve znane orgle so bile postavljene 1840. Po arhitekturi je križevniška cerkev blizu Italiji, po opremi in slikah pa Avstriji.
1716 je bila cerkev slovesno posvečena in v njej so začeli z rednim bogoslužjem. Takrat so opremili tudi zakristijo s klečalnikom in zakristijsko omaro iz hrastovega lesa. V cerkvi so se odvijale pete maše in druge slovesnosti, tudi v sodelovanju z ljubljanskimi jezuiti. Slika Marije Pomagaj je bila prenesena v levo kapelo nove cerkve. Danes je slika v ljubljanski Šiški, kjer ima križniški red svojo hišo. Njeno vlogo pa je zdaj prevzela Marija Pomagaj z Brezij na Gorenjskem.
Ob celotni Plečnikovi prenovi Križank, leta 1952, so prenovili tudi cerkev, ki je bila v precej slabem stanju. S fasade so se luščile plasti ometa, na več mestih je puščala tudi streha kupole. Pod kupolo je trohnel lesen opaž, saj je bila pločevinasta streha stolpiča luknjasta in zarjavela.
Po večdesetletnih bojih so križniki leta 2017 cerkev končno dobili nazaj.
