Po drugi svetovni vojni so bile delovne razmere v bolnišnici zelo slabe. Kritično je primanjkovalo kadra, saj so s pacienti ostale le nune. 1. oktobra 1946 je službo nastopil dr. Karol Praunseis (roj. 7. februarja 1910 na Dunaju) in tu ostal do 15. julija 1948, ko je bil premeščen v ptujsko bolnišnico (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 23). Kmalu se je pokazalo, da splošna bolnišnica kot cerkvena ustanova v posesti križniškega reda pri novih državnih oblasteh ni zaželena, niti potrebna. Konec aprila 1948 je vlada Ljudske republike Slovenije splošno bolnišnico v Ormožu najprej nacionalizirala, prve dni maja 1948 pa ukinila.
Bolnišnica je bila še istega leta preurejena v bolnišnico za tuberkulozo (TBC) in pljučne bolezni. Ker je ta odločitev zaposleno osebje in ormoško prebivalstvo zelo prizadela, so pripravili protestni shod, na katerem so zahtevali ohranitev splošne bolnišnice. Shoda so se udeležili ljudje od blizu in daleč, tudi iz ljutomerskega okraja in Hrvaške. Med udeleženci sta bila tudi zvezni ljudski poslanec Vladimir Jurančič in republiški minister za prosveto dr. Jože Potrč. Pod javnomnenjskim pritiskom, da »naj splošna bolnišnica kot obče koristna ustanova ostane«, sta nato pri Ministrstvu za ljudsko zdravstvo v Ljubljani posredovala Miha Kojc, predsednik ormoškega mestnega ljudskega odbora in Milan Šonaja, tajnik pri Ministrstvu za ljudsko zdravstvo (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 23). Toda vse prošnje, zahteve in protesti so bili zaman. Da ormoška bolnišnica ni potrebna, ker sta na Ptuju in v Murski Soboti mnogo večji bolnišnici, je menil tudi minister dr. Marijan Ahčin. Zaradi nastrojenosti proti križniškemu redu je bil prepričan, da prejema bolnišnica sredstva za svoje delovanje »po tajnih kanalih iz inozemstva« (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 23).
Ob ukinitvi se je v bolnišnici zdravilo okrog 100 bolnikov. V njej so zdravili bolnike iz 26 okrajev Slovenije in bližnje Hrvaške, za katere je poleg zdravnika skrbelo 40 usmiljenih sester (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 23). Bolnišnica z vso potrebno opremo in zdravili se je vzdrževala sama. Ob ukinitvi so del instrumentov in aparature premestili v ptujsko bolnišnico, opremo iz bolnišnične kapele pa so prepeljali v cerkev na Hum. Premoženje bolnišnice je prevzela uprava nove zdravstvene ustanove. Nekdanjo Šerbčevo hišo v Ormožu, hišo na Dobravi, več hektarjev njiv in travnikov ter novozgrajeno polovico bolnice v lasti usmiljenih sester je oblast brez kakršnekoli odškodnine nacionalizirala. To premoženje so sestre kupile in plačale z denarjem, ki so ga dobile kot odpravnino ali doto od doma, v ta namen so uporabile tudi svoj zaslužek v bolnišnici. Usmiljene sestre so se po mnogih letih dela v bolnišnici razšle. Nekatere so se vrnile domov, nekatere so bile premeščene v državne bolnišnice, nekaj jih je sprejelo službo na državnih posestvih, starejše sestre so se upokojile (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 23). Doktorja Karla Praunseisa, ki je v ormoški bolnišnici delal od oktobra 1946, so premestili v ptujsko bolnišnico.
Ministrstvo za ljudsko zdravstvo je zgradbo ormoške bolnišnice preuredilo v nekakšen azil jetičnih bolnikov. Bolnišnica je bila opremljena s takrat najsodobnejšimi sredstvi za zdravljenje pljučnih bolezni. Za svoje paciente je imela tudi zobno ambulanto. Za še ne povsem ozdravele paciente, ki jim ni bilo potrebno ležati v postelji, a še niso smeli domov, ker še niso bili povsem zdravi, je bila urejena tudi delovna ambulanta. Bolniki so se v tem času učili raznih obrti, zlasti pletarstva in šiviljstva, njihove izdelke pa so prodajale ormoške trgovine.
Medicinsko osebje je bilo nameščeno z dekreti tedanjega ministrstva za zdravstvo. Azil za tuberkulozo je najprej vodil dr. Jurij Šarf, marca 1952 ga je zamenjal dr. Josip Šušteršič. Aprila 1958 je direktor bolnice postal dr. Branko Kranjc, leta 1962 ga je zamenjal dr. Dušan Dubovi, po njegovem odhodu je bolnico vodil dr. Emil Vengušt (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 114). Zaposleno osebje ni imelo urejenega osemurnega delovnika, delali so tudi po 12 in več ur na dan. Leta 1956 je bilo na zdravljenje sprejetih 281 bolnikov, ozdravelih in v domačo oskrbo odpuščenih bolnikov je bilo 264. Povprečna doba zdravljenja je trajala 168 dni, povprečni stalež bolnikov pa 130 dni (Kronika mesta Ormož, 1877−1956: 114).
V prvi polovici 60. let 20. stoletja je prišlo do upada bolnikov, obolelih za jetiko, saj sta se po zaslugi odkritja novih zdravil ter večletne dobro organizirane preventivne dejavnosti zmanjšala tako pogostost obolevanja kot umrljivost zaradi TBC. Nadaljnji obstoj TBC bolnišnice v Ormožu je tako postal nepotreben.
