V času italijanske in nemške okupacije je Gosar ostal v Ljubljani. V okviru protikomunističnega tabora je vodil samostojno politično skupino Združeni Slovenci, saj v stranki SLS ni bilo doseženo soglasje o tem, kdo bi stopil na čelo morebitnega skupnega političnega organa (zunaj OF), osnovanje skupine pa je bil tudi izraz nezadovoljstva s političnim vodstvom SLS in drugih demokratičnih strank, čeprav so se v glavnih načelnih potezah z njimi ujemali.
Skupino so poleg Gosarja sestavljali še prof. Jakob Šolar, odvetnika Jakob Mohorič in Josip Kamušič ter nekateri mlajši starešine iz Zarje in Danice. Združeni Slovenci so zagovarjali podrejenost vladi v izgnanstvu, prepričani so bili tudi o potrebnosti vojaškega upora proti okupatorju, vendar pa so bili mnenja, da se za to počaka na povelje zakonite jugoslovanske vlade iz Londona in zavezniških vojaških sil. Zato so tudi nasprotovali vstopu v OF, v kateri so videli predvsem komunistično organizacijo. Skupina je želela ohraniti določeno razdaljo tako do OF kot tudi do ekstremnih desnih stališč. Voditelji OF so si prizadevali, da bi Gosarja pridobili na svojo stran, vendar se je na pogovorih z njimi izrekal proti takojšnjemu oboroženemu boju in za enakopravno sodelovanje, ne pa za vstop v samo OF. Hkrati je v borbi za uveljavitev posameznih političnonazorskih skupin priznaval le demokratične metode.
Leta 1944 je bil Gosar aretiran in odpeljan v koncentracijsko taborišče Dachau, od kjer se je vrnil junija 1945 telesno in psihično povsem strt, duševno pa ga je prizadela predvsem zmaga komunizma na domačih tleh.
Spomini sina Lojzeta Gosarja na težka medvojna leta, ki so v veliki meri vplivala tudi na osebno in javno življenje njegovega očeta Andreja.
Prva leta po vojni je bil Gosar podvržen strogemu policijskemu nadzoru. Pred njegovo hišo na Mirju je noč in dan sedel agent in spremljal vse njegove premike. Leta 1952 je policija hišo preiskala in mu zasegla gradivo, ki ga je našla pri njemu, a ga je kasneje vrnila.
Po vojni Gosar ni objavil nobenega daljšega besedila, le za cerkveni list Oznanilo je leta 1946 napisal nekaj člankov verske vsebine, je pa nekaj njegovih daljših besedil ostalo v rokopisu, vendar zaradi radovednosti policijskih organov niso bila namenjena objavi. Objaviti ni mogel nobene knjige več, v rokopisu je ostala njegova Sodobna socialna etika. V letih 1951 in 1952 so v Oznanilu objavili 10 njegovih člankov. Gre za nenaslovljene in nepodpisane uvodnike (Oznanilo 7, 1951/52, št. 1-2 pa do 19-20), vsakega uvaja citat iz Svetega pisma.
Zadnje objavljeno delo Andreja Gosarja je razprava Eden je Gospod. Misli o božjem kraljestvu na zemlji, ki je izšla sredi vojne vihre leta 1943 v Ljubljani. Njena tematika je še vedno sociološka, vendar pa je pisateljev zorni kot bolj kot sociološki, teološki. Osrednje sporočilo knjige je misel o relativnosti sleherne tostranske predstave o družbi, sleherne politične ureditve, čeprav je le-ta osnovana na krščanskih temeljih. Božje kraljestvo, o katerem govori, ni določena družbeno-politična ureditev, temveč notranje kraljestvo src. Knjiga Eden je Gospod je eno najbolj izvirnih in dognanih Gosarjevih del, kljub temu pa je še danes tudi v katoliški kulturi skoraj povsem neznano in neupoštevano.
Leta 2011 je pri založbi Moj svet izšla knjiga Božje kraljestvo na Zemlji. V njej so objavljeni izbrani odlomki iz dela Eden je Gospod. Izbor je pripravil Lojze Gosar.
