Veliki oltar je delo Francesaca Robbe, nastajal je med letoma 1728-1732. Robba se je na zadnji strani desnega podstavka tudi podpisal: FRANC. ROBBA. VEN. INVEN. ET FAC. / 1732.
To je oltar tabernakeljskega tipa, v resnici pa gre za menzo i tabernakelj načrtovanega pravega oltarja, na kakršnega so jezuiti upali vse do konca (gl.: B. Resman, Šentjakobska cerkev v Ljubljani, 2014).
Stari oltar so odstranili 31. 5. 1731 in zatem postavili temelje za sedanjega kot za neuresničeni marmornati nastavek za njim. Ko je bil tabernakelj gotov in 25. julija 1732 odkrit (na god sv. Jakoba) in so se Ljubljančani ves dan zgrinjali v cerkev, da bi ga videli, je bil stebriščni nastavek samo provizorično naslikan na steno, na sredi pa je bila nanj pritrjena nova oltarna podoba sv. Jakoba. Naslikani oltar je najbrž delo Franca Jelovška; na eni strani slike prikazuje sv. Petra in Janeza Evangelista, na drugi sv. Pavla in Judo Tadeja. Na vrhu je bila naslikana Vnebovzeta v spremstvu angelov. Po požaru so fresko obnovili v stari podobi; leta 1828 jo je barvno osvežil Matevž Langus. Leta 1869 so se odločili naslikati novo fresko, ki bo primerna slogu cerkve in izvedenim obnovitvenim posegom. Zasnoval jo je slikar Janez Wolf.
